外国法人が日本で納める税金のすべて――法人税・消費税・地方税をやさしく解説

日本に会社を設立したものの「何の税金を・いつ・どこに納めるのか分からない」――これは、外国法人や日本で会社を経営したい方から、設立の前後に必ずいただくご相談です。日本の法人課税は、国に納める法人税などと、都道府県・市町村に納める地方税が組み合わさり、しかも設立直後から「期限付き」の届出が始まります。全体像を知らないまま開業すると、届出の期限を逃したり、想定外の納税で資金繰りに苦しんだりしがちです。本記事では、外国法人が日本で納める税金の全体像を、法人税・消費税・地方税に分けて、設立直後の届出から毎期の申告までやさしく整理します（個別の税額計算など具体的な税務は、提携する税理士が担当します）。

まず整理――なぜ会社に複数の「番号」が出てくるのか

日本で会社を設立し、代表者が来日すると、いくつもの「番号」が登場します。よく似ていて混同しやすいのですが、それぞれ目的の異なる別物です。最初にここを整理しておくと、このあとの税務の手続きがぐっと分かりやすくなります。

• 法人番号（13桁）：会社（法人）に一つ割り当てられる番号です。設立登記をすると国税庁から指定され、原則として公表されます（インターネットで検索できます）。各種の税務申告や行政手続きで使います。
• マイナンバー（個人番号・12桁）：個人に割り当てられる番号です。代表者が日本に住民登録（住所を定めて在留）すると本人に付与され、給与の源泉徴収など、個人に関する手続きで使われます。
• 在留カード番号：外国人が日本に中長期間滞在する際に交付される「在留カード」に記載された番号で、在留資格（ビザ）に関わるものです。税の番号ではありません。

「会社の番号」と「個人の番号」を取り違えないこと――これが、日本での税務手続きにおける最初のつまずき防止になります。

設立直後にやる「期限付き」の届出

会社を設立したら、まず税務署（および都道府県・市町村）への届出から始まります。多くが「設立から○か月以内」という期限付きで、これを逃すと不利益が生じます。代表的な届出を一覧にします。

これらのうち、とくに見落とされやすいのが青色申告の承認申請です。なお、これは法律上の提出義務ではなく、出さなければ白色申告になる「任意」の申請です（ただし節税メリットの前提となるため、実務上はほぼすべての会社が提出します）。青色申告には、赤字を翌期以降に繰り越して将来の黒字と相殺できる「欠損金の繰越控除」など、税負担を抑える前提となる仕組みがあります。設立初年度は赤字になりやすいため、第1期から青色申告を受けられるよう、期限内の申請が大切です。期限を過ぎると、その期は青色申告が使えず、繰越控除などのメリットを受けられないことがあります。

なお、ここに挙げた届出のほか、給与の支払い方法によっては「源泉所得税の納期の特例の承認に関する申請書」など、追加で提出できる書類もあります。どの届出が必要かは、事業の内容や従業員の有無によって変わるため、税理士に確認しながら進めると安全です。

毎期かかる主な税金――法人税と地方税

会社が利益（所得）を出すと、毎期（事業年度ごとに）次のような税金がかかります。大きく分けて、国に納める法人税など（国税）と、都道府県・市町村に納める地方税です。まず主な税目を一覧で示します。

法人税の本則は23.2%です。資本金1億円以下の中小法人には、年800万円以下の所得について15%の軽減税率が適用されますが、これは時限措置で、令和9年（2027年）3月31日までに開始する事業年度までとされています。ここで外国法人向けの落とし穴があります。資本金が5億円以上の大法人に株式を100%保有されているような子会社は、この中小法人向けの15%軽減税率の対象外になる場合があります。大きな親会社をもつ日本子会社では、「中小だから15%」と早合点しないことが大切です。

2026年4月からは、防衛特別法人税が新設されました。これは法人税額に上乗せされる付加税で、計算は（一定の税額控除前の）基準法人税額から年500万円を差し引いた額に4%を乗じます。基準となる法人税額が年500万円以下（課税所得でおよそ2,400万円程度まで）であれば税額は0円となり、多くの中小企業に実質的な負担は生じません。ただし、税額が0円であっても申告は必要とされる点に注意してください。

このほか、利益に対しては、地方法人税（法人税額の10.3%。名称に反して国に納める税です）、法人住民税、法人事業税、特別法人事業税がかかります。とくに覚えておきたいのが、法人住民税の「均等割」です。これは利益が出ていなくても（赤字でも）納める必要があります。金額は資本金等の額と従業員数の区分で変わり、資本金1,000万円以下なら年約7万円（道府県民税 約2万円＋市町村民税 約5万円）ですが、経営・管理ビザで資本金3,000万円とする会社は1,000万円超の区分に当たり、年約18万円が目安です。「赤字なら税金はゼロ」という感覚は、日本では通用しません。

これらをすべて合わせた、利益にかかる税の総合的な負担を「実効税率」といいます。自治体や資本金によって変わるため一概には言えませんが、目安としては中小法人で約33〜35%、大企業で約30〜31%程度（2026年4月以後は防衛特別法人税の分、大企業でおおむね31%台へ）とされます。あくまで範囲・目安であり、正確な税額は会社ごとに異なります。

申告・納付の期限は、法人税・地方税・消費税のいずれも、原則として事業年度（課税期間）終了日の翌日から2か月以内です。たとえば3月決算なら5月末が期限です。届出により法人税などの申告期限を1か月延長できる特例もあり、消費税についても別途の届出で同様の延長が可能です（延長されるのは申告期限であり、納付の取扱いには注意点があるため、詳細は税理士にご確認ください）。期限を過ぎると、加算税や延滞税といったペナルティが生じ得ます。

消費税の基礎――外国子会社が「初年度から課税」になりやすい理由

消費税は、商品やサービスの取引にかかる税で、標準税率は10%、飲食料品など一部には軽減税率8%が適用されます。会社は、売上で預かった消費税から、仕入れや経費で支払った消費税を差し引いて、その差額を納めます（課税事業者の場合）。申告・納付は、法人税などと同じく課税期間終了日の翌日から2か月以内です。

ここで、外国法人がとくに知っておくべき重要な点があります。日本では、新しく設立した法人は原則として設立1〜2期目は基準期間（判定のもとになる過去の期間）がないため消費税が免除される（免税事業者）のが一般的です。しかし、次のいずれかに当てはまると、1期目から消費税の課税事業者になります。

• 設立時の資本金が1,000万円以上である場合（→ 1期目から課税事業者）
• 親会社など（支配する者）の課税売上高が5億円超、または売上・収入の合計額が50億円超（令和6年〔2024年〕10月以後、国外の分も含めて判定）である場合――「特定新規設立法人」として1期目から課税事業者

外国法人の日本子会社では、経営・管理の在留資格（経営管理ビザ）の取得に資本金3,000万円が必要になるケースが多く、その場合は1点目の「資本金1,000万円以上」に当然該当します。つまり、外国法人の日本子会社は、設立初年度から消費税の課税事業者になるのが通常で、国内のスタートアップにありがちな「最初の2年ほどは消費税が免税」というメリットは、基本的に期待できません。さらに大きな親会社をもつ場合は「特定新規設立法人」にも該当し得ます。この点は、初年度の納税・資金繰りの計画に直結します。

消費税に関連して、もう一つ押さえておきたいのがインボイス制度（適格請求書等保存方式）です。2023年（令和5年）10月1日に始まった仕組みで、仕入れにかかった消費税を差し引く（仕入税額控除）には、原則として「適格請求書（インボイス）」の保存が必要です。インボイスを発行するには「適格請求書発行事業者」の登録が必要で、登録すると課税事業者になります。免税事業者からの仕入れに関する経過措置や、小規模事業者向けの負担軽減（いわゆる「2割特例」）など、割合や期限の決まった時限的な措置もありますが、内容は時期によって変わるため、最新の取扱いは税理士に確認してください。本記事では入口の説明にとどめます。

なお、輸出を中心とする事業では、消費税の還付が資金繰り上とても重要になります。輸出取引は消費税が免税（0%）となる一方、国内で支払った仕入れの消費税は、申告により還付され得るためです。中古車の輸出など、輸出免税と還付が事業の核になるケースの詳しい解説は、今後の業種別の事例編（例：アメリカの自動車会社が日本で中古車輸出拠点を立ち上げるケース）に譲ります。

海外とつながる税務――専門的な検討が必要な3領域

外国法人の日本子会社では、国内だけで完結しない、国際的な税務の論点も出てきます。いずれも専門性が高く、深入りは禁物の領域です。ここでは「こういう論点がある」という存在を知っていただくにとどめ、具体的な検討は税理士に委ねることをおすすめします。

• 移転価格税制：海外の関連会社（親会社など）との取引価格は、第三者との取引と同じ条件（独立企業間価格）であることが求められます。価格設定が適切でないと、後から課税の問題になり得ます。
• 海外親会社への配当にかかる源泉徴収：日本子会社から海外の親会社へ配当を支払う場合、日本の国内法では原則20.42%の源泉徴収が必要です。ただし、租税条約により軽減・免除される場合があります（たとえば日米租税条約では、持株割合・保有期間などの要件により0%・5%・10%等になり得ます）。具体的な税率は相手国・条約・持株割合により、軽減を受けるには所定の届出（「租税条約に関する届出書」）が必要です。
• グローバルミニマム課税（第2の柱）：連結売上高が7.5億ユーロを超えるような大規模な多国籍企業グループは、最低税率15%の対象となる仕組みが、2024年度から段階的に導入されています。大企業の親会社をもつ場合は留意が必要ですが、一般的な中小企業に直接の影響は通常ありません。

これらはいずれも、金額や要件の判断に高度な専門知識を要します。「自社にどこまで関係するのか」は、親会社の規模・取引の内容・配当の方針によって大きく変わるため、早めに税理士へ相談し、必要な検討を整理しておくと安心です。

税務は提携税理士が担当――窓口一本化で、設立・在留資格と分断させない

ここまで見てきたとおり、日本の税務は、設立直後の届出から毎期の申告、消費税、国際税務まで論点が広く、しかも会社設立（登記）・在留資格（ビザ）・労務といった他の手続きと密接につながっています。たとえば「資本金をいくらにするか」は、経営・管理ビザの要件（資本金3,000万円）であると同時に、消費税の課税事業者の判定（資本金1,000万円以上）にも、会社設立の論点にも同時に効きます。税務だけを切り離して考えると、こうした横のつながりを見落としがちです。

行政書士法人タッチは、国際業務を専門とする行政書士法人として、日本進出に必要な実務を全体から整理し、提携する税理士・社会保険労務士・司法書士等と連携しながら、ひとつの窓口でサポートします。税務そのものは提携する税理士が担当し、登記は司法書士、労務は社会保険労務士、在留資格・許認可は行政書士が担います。タッチはその全体を横串で見て、会社設立・在留資格と税務・労務が分断しないよう、順番と役割を整理して進行を管理します。海外本社との多言語でのやり取りにも対応します。